R

Rでエラーバー付きで表示

R

サンプリング系の手法とか初期値を変えると性能が結構変わる手法だとエラーバー付きで出したほうがいいんちゃう?と言われることがよくある。ということでよく書く必要があるので、テンプレを残しておく。データは適当に作ってます。 N <- 20 samples <- 1:N …

Japan.R

R

今年もRユーザー会の季節だったようでggplot2の人とかが話されていたようだが、今年は併設(?)でJapan.Rというものができていた。 FrontPage - Japan.R WIki 特に午後の部はRユーザーの交流が目的とした感じの企画があっていたようで(Tsukuba.Rからはid:wakut…

Tsukuba.R#8が開催されました

Tsukuba.R#8 - Tsukuba.R - Seesaa Wiki(ウィキ) 今回はつくばの回(奇数回が東京、偶数回がつくば)だったのですが、筑波大ではなく産総研にてやらせてもらったそうです。@toddler2009さん、ありがとうございました。発表者のスライドでWebに上がっているも…

音声処理での距離尺度

R

自分用メモ。 f <- c(4, 8, 3, -3, 4, 10, 8, 7) y1 <- c(-3, 3, 0, -1, 2, 6, 3, -2) y2 <- c(-1, 6, 8, 6, 1, 3, 6, 11) # ユークリッド距離 sqrt(sum((f - y1)^2)) sqrt(sum((f - y2)^2)) # 板倉-斎藤歪み距離 1 / length(f) * sum(f - y1 + exp(y1) / ex…

夜な夜な作業 => 色々バイナリにしたいじゃないですか!!

Rのデータ構造をバイナリにしたいと思って、Rinternals.hをのぞく。このヘッダーファイルをのぞいている日でろくな日はない気が(ry。コーディングしていたら、3時くらいになっていて、次の日朝から授業ということを忘れていた。お腹減ったと思って、カップラ…

Google Summer of Codeでacceptされました

http://socghop.appspot.com/gsoc/program/list_projects/google/gsoc2010 Google Open Source Blog: This Year’s Google Summer of Code Students Announced! Google Summer of Codeにapplyしました - Seeking for my unique color. 朝起きたらメールがきて…

closureさん、怖いです...

R

id:mickey24が解説記事を書いてくれるはずなので、正座して待ってます。iさんを早く殺してあげて欲しい。fさんに振り回されてかわいそう。。。 > f <- sapply(1:10, function(i){ function(x) { i } }) > lapply(f, function(func) (func)(3)) [[1]] [1] 10 …

Tsukuba.R#7が5/9に開催されます

Tsukuba.R#6が11月だったので大分時間が空いてしまいましたが、マイペースでやればいいんです。ということで5月9日にTsukuba.R#7が開催されます。 Tsukuba.R#7 - Tsukuba.R - Seesaa Wiki(ウィキ) 空いてた期間で色んなところで声かけたり、他のRのコミュ…

Google Summer of Codeにapplyしました

添削してもらったりしていただいたおかげでstudent proposalがそれっぽくなってきたので、サイトのほうに上げてみました(メンターの人とかじゃないと中身は見れないようですが、僕のstudent proposalはあとで公開するかも。なんか公開されてるの少ない気がす…

海外のRの情報源

R

Tokyo.Rに参加してきて、色んな人とお話させてもらったけど、結構Rを使いこなしているなぁと思う人が多いというのが第一印象だった(やってる内容とか悩んでいる問題とか)。が、悩んでいる問題を解決する術がすでに存在しているにも関わらず英語なので、その…

Tokyo.R#3の発表資料

R

第3回R勉強会@東京(Tokyo.R#03) : ATND Rは統計が得意なフィールドで、統計と言えばパラメータ推定、パラメータ推定には最適化手法がはずせないのでRにおける最適化をやるための周辺について話してきます。ところどころで脱線したりしてますがw。 Optimizat…

第3回R勉強会@東京(Tokyo.R#03)で発表してきます

R

と、予告エントリを上げることで自分を追い込むライフハック*1、のはずが引越し準備ですでに追い込まれている件について。僕は発表をしている場合なんだろうか。。。"Optimization in R"ということで、Rのoptim関数について30分くらい話すつもりです。Rの流…

C++でのオブジェクトをRで使い回す

R C++

TokyoCabinetをRから使えるようなライブラリを書くとしたら、例えばこんな感じできる。 GitHub - syou6162/RTokyoCabinet: Simple wrapper of TokyoCabinet for R. しかし、これだとgetやputをするたびにopen&closeしに行っているのでアホな感じである。TCHD…

ANYとかVIRTUALとか見つけた

R

それだけだけど。あとからどういうものか調べる。 setClass("Hoge", "ANY") setClass("Hoge", representation("VIRTUAL"))

Rcppを試してみる

R C

この前紹介したGoogle Summer of Codeのやつですが、メンターがDirk Eddelbuettelさんで、この人はRcppというパッケージを作ってる人で僕はこのパッケージを使ったことがなかったので、使ってみようじゃないかというお話。以下を参考にしつつ。 Rcpp: Seamle…

各地に広まるR Movement!!

R

この辺でTsukuba.R作るんだって言い始めて、この辺で#1をやって、筑波以外にも地域のRコミュニティができるといいなーとか発表したのはつい先日ですが、いつの間にかいくつかRのコミュニティグループができてきています。 Google グループ http://m884.jp/Os…

GPGPUとR

R

Introduction to High-Performance Computing with Rを聞いてたときに、CUDAとかOpenCLとかGPUのところだけがさっぱり分かっていなかった(相対的に)。が、昨日PFIセミナーで@nushioさんがGPGPUについてお話してくれるということでustreamで聞いていた。何に…

Rユーザー会で発表してきました

R

今回は技術的なことではなく、Tsukuba.Rの紹介、勉強会、コミュニティ活動の勧めというような感じの内容で発表してきました。顔出しNGな人の写真も含まれていたため、発表したときの資料とは若干異なりますが、まあ大体同じです。 R User Group 2009 Yoshida…

明日はRユーザー会で話します

R

Rユーザー会が開催されるよ!! - Seeking for my unique color. 前回は講演を聞くだけでしたたが、明日のは発表ということで、さっきせっせと資料を作っておりました。技術の話はしないからあれなんですが、「楽しさ」というのを伝えるのは難しいなぁ。参加さ…

Re:forとapplyの速度比較

helpを求められたような気がしたので。 http://blog.m884.jp/2009/11/30/forとapplyの速度比較 最後に。誰かggplot2できれいにプロットしてください。そこまでする余力がありませんでした…。 書いてみました。 d <- read.table("/tmp/hoge.csv", sep="\t", h…

Introduction to High-Performance Computing with Rを聞いてきた

R

Rユーザー会の英語でのチュートリアル講演を聞いてきました。初立川でした。統数研が10月に立川に移転したということで、タクシーの運転手の人も警察官も「統数研」という言葉にぽかんとされてしまいました。12/5のほうに参加される方は時間にかなり余裕を持…

Nelder-Mead methodをRで実装した

最適化理論の課題提出期限が過ぎたと思うので、うpします。この辺の軌跡を書くためのコードです。 www.yasuhisay.info Nelder-Mead methodがどんな手法の説明はこの辺に書いている。一行で要約すると、ヘッセ行列、勾配ベクトルすら使わずに関数値のみで動い…

Tsukuba.R#6の発表資料

あげておきます。Keynoteをpdfで吐いてみた。 Tsukuba from syou6162 Tsukuba.pdf まあ、この辺とレイヤーで重ねていくってことですね。

ggplotはただの綺麗系graphics libraryではない

id:nozmaことかつどんさんに教えてもらいながらggplotを勉強して、Tsukuba.R#6の発表資料をせこせこと作っています(遅)。ggplotは何も考えずに使っていると「ディフォルトが綺麗な感じのパッケージなんだなー」みたいな印象で終わってしまいそうですが、ggpl…

一行づつ、をstringで

R

自分用メモ。 #include <iostream> #include <fstream> #include <string> #include <vector> #include <R.h> #include <Rdefines.h> #include <Rinternals.h> extern "C" { SEXP my_scan(SEXP fn, SEXP rho) { SEXP result; std::vector<std::string> v; std::ifstream fis("/Users/syou6162/dbcls/umls/umls.txt"); std::string…</std::string></rinternals.h></rdefines.h></r.h></vector></string></fstream></iostream>

一気読みじゃなくて、一行づつ読み込んで何かしら変換をかます

R

昨日言ってたところを解決すべく、かなり久しぶりにRの拡張を書いた。Cはもう書く気になれないので、C++で書くことにした。 #include <iostream> #include <fstream> #include <string> #include <vector> #include <R.h> #include <Rdefines.h> #include <Rinternals.h> extern "C" { SEXP my_scan(SEXP fn, SEXP rho) { SEXP r</rinternals.h></rdefines.h></r.h></vector></string></fstream></iostream>…

一気読み、ではなく一行づつ

R

Rのデータ読み込みはscan、read.tableなどなどがあるが、基本的に一気に読み込む。このため、でかいファイルを読み込むときなどに非常に困る。Rubyのように file = File.open("test.txt", "r") file.each{|line| # do something } というような処理ができな…

Rでポインタ的何か

R

RのlistにめちゃくちゃでかいvectorやmatrixをつっこんでいくとRが落ちることがある。「ポインタ的何かをつっこめれば、、、」と思うこともあるけど、Rにポインタはない。と思っていたが、相当することができそうな気がしてきた。こんな感じ。 > x <- 1:1000…

SIR(重点サンプリング)を簡単な例で

木曜だと思っていたゼミが明日だということにさっき気がついてあたふたと準備をしています。。。担当している箇所はパターン認識と機械学習 下 - ベイズ理論による統計的予測の11.1.4の重点サンプリングと11.1.5のSIRです。重点サンプリングのところは去年研…

Nelder-Mead methodの軌跡

教習所にも通うことになったので、さっさと課題片づけておくかーと思って、Nelder-Mead methodの実装を開始。すぐ終わった。どんな方法かは下に書いた。 Nelder-Mead method - yasuhisa's blog すぐ終わった、だけどこれ多変数最適化の手法であることを考え…