「はじめに：統合データベースプロジェクトとは？」
- DBが整っていないと、知のめぐりのよりライフサイエンス研究ができない
- 全国でやっている(6回の講習会と2回の勉強会)
- DB内の記述(アノテーション)は正しい?
- 問題点
- DBが散在している、利用法がよく分からない
- 大型プロウジェクトの成果公開が不十分
- データベース構築、維持、アノテーションを行なえる人材が不足している
- 完結しないプロセスである
「データベースを使いこなすための前準備」
- ぐぐれ
- National Center for Biotechnology Information
- Allie: Abbreviation / Long Form Search in Life Sciences Top
- 略語
- 使われ始めたときとか、どんな単語と使われるようになったか分かる
- そんな色々あるのかー
「生命科学横断検索の利用法」講習で利用するURLのリスト
- 世の中にはたーくさんのデータベースがある
- 最初は24個とかだった→今は1170もある
- 世の中にはたぶんその10倍はあるだろう、と言わている
- 新型シーケンサーの登場
- 能力が非常に高い
- ネットワークでそれが運べるのか
- 2000年くらいからめちゃくちゃ量が多くなっている
- ATGC
- インデックスを作る→高速化
- 日本語の専門文書でうまくいくように in NAIST
- 日本語の解析に必要な辞書構築
- 解剖学、遺伝子タンパク名、生物名
- http://lifesciencedb.jp/dbsearch/
- 日本語で検索すると、(ライフサイエンス辞書の情報も使っているらしく)訳語も一緒に検索してくれるようだ
- それぞれの分野で統合して、また大きい統合を、という感じらしい
「DNAデータベース総覧と検索、遺伝子発現バンク(GEO)目次の使い方」
- AJACS9/bono2 - MotDB
- 演習形式
- http://lifesciencedb.jp/ddbj/
- 配列のダウンロード
- プログラムが書けなくても、取ってこれる
- AOE: 登録データ件数ランキング
