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統合データベース講習会: AJACS本郷4

DBCLS

「はじめに:統合データベースプロジェクトとは?」

  • DBが整っていないと、知のめぐりのよりライフサイエンス研究ができない
  • 全国でやっている(6回の講習会と2回の勉強会)
  • DB内の記述(アノテーション)は正しい?
  • 問題点
    • DBが散在している、利用法がよく分からない
    • 大型プロウジェクトの成果公開が不十分
    • データベース構築、維持、アノテーションを行なえる人材が不足している
  • 完結しないプロセスである

「データベースを使いこなすための前準備」

「生命科学横断検索の利用法」講習で利用するURLのリスト

  • 世の中にはたーくさんのデータベースがある
  • 最初は24個とかだった→今は1170もある
    • 世の中にはたぶんその10倍はあるだろう、と言わている
  • 新型シーケンサーの登場
    • 能力が非常に高い
    • ネットワークでそれが運べるのか
  • 2000年くらいからめちゃくちゃ量が多くなっている
  • ATGC
  • インデックスを作る→高速化
  • 日本語の専門文書でうまくいくように in NAIST
  • 日本語の解析に必要な辞書構築
  • 解剖学、遺伝子タンパク名、生物名
  • http://lifesciencedb.jp/dbsearch/
    • 日本語で検索すると、(ライフサイエンス辞書の情報も使っているらしく)訳語も一緒に検索してくれるようだ
  • それぞれの分野で統合して、また大きい統合を、という感じらしい

「DNAデータベース総覧と検索、遺伝子発現バンク(GEO)目次の使い方」